1、节水问题。受水区高耗水工业企业偏多，用水定额偏高，重复利用率偏低，污水处理回用率很低。供水损失率高，节水潜力较大。主张先节水，后调水。

    2、治污问题。受水区江河湖库水体污染严重，影响到水资源的有效利用。如果不从污染源加大治污力度，则调来的好水也被污染成劣质水，无市场需求。主张先治污，后调水。

    3、生态环境保护问题。实施南水北调，可以改善受水区的生态环境。但对调水区的生态环境有一定影响，必须采取有效措施，减免其不利影响。做到南北两利，共同发展。主张先保护生态环境，后调水。

    4、调水量大小问题。现有规划调水规模，有的认为偏大，也有的认为偏小。一是可调水量大小，二是需求水量大小，均需要进一步核实。

    5、水库移民问题。中线工程的水源区丹江口水库，从提高汉江中下游的防洪标准和增供北调水量考虑，需要加高丹江口大坝，坛加调节库容。但水库淹没耕地和搬迁移民较多，难度很大，需要深入做好移民安置规划。

    6、中线调蓄工程问题。中线调水规模大，输水渠道长，中间没有足够的调蓄工程，很难实施高保证率城市供水调度，需要研究适当坛加调蓄工程和优化调度。

    7、中线工程分期方案比较。中线工程分二期建设，意见比较一致。但分期方案有三种意见: ①总干渠分期加高加大流量；②三堤二渠；③黄河以北分高、低二条输水线路，一期高线，二期低线。上述意见需要在下一步工作中深入研究比选。

    8、中线工程的洪水风险问题。中线总干渠通过暴雨洪水区，存在洪水威胁的风险问题，需要研究减免风险的措施。

    9、筹资与水价问题。按2000年上半年价格水平初步框架，近期东线一、二期和中线一期工程总投资约1300~1500亿元，其中主体工程投资约800~850亿元，配套工程投资约500~650亿元。需要做工程的经营性和公益性定量分析，合理确定投资结构。在研究中央与地方的资本金比例时，要把用水权、用水量、投资、水价等几方面进行挂钩，实行两部制水价，即容量水价和计量水价。

    10、建设与运营管理问题。南水北调工程规模大，线路长，涉及面广，建设与运行管理都十分复杂。要保证工程顺利建设和良性运营管理，需要加强政府宏观控制与协调，按市场机制组建总干线项目法人，实行法人负责总干线工程的建设与运营管理。有关省市组建相应的企业法人，负责其配套工程建设与运营管理。